Programa del Taller

Unidad

I

Introducción

¿Por qué conservar?
La genética para la conservación: repaso histórico
Marco conceptual: La conservación como proceso
Ejes genético y de conservación en el marco de los proyectos de GC
Contexto en el marco de la conservación

Responsables: Antonio Solé-Cava, María A. Oliveira-Miranda, Kathryn Rodríguez-Clark

Unidad

II

Conceptos básicos

Diseño de proyectos, obtención de muestras y marcadores moleculares

Diseño experimental y estructura de proyectos
Gestión de proyectos
Planteamiento de hipótesis
Marcadores moleculares
Obtención y almacenamiento de muestras
Discusión sobre técnicas utilizadas por los estudiantes en sus respectivos proyectos

Responsables: María A. Oliveira-Miranda, Kathryn Rodríguez Clark, Ángela Martino, Marco Méndez, Cristina Y. Miyaki, Edgar Gareca

Unidad

II

Conceptos básicos

Estadísticas

Modelos determinísticos y estocásticos

Responsable: Antonio Solé-Cava

Unidad

II

Conceptos básicos

Marcadores y análisis de secuencias

Alineamiento y calidad de secuencias (repaso teórico-práctico)

Responsables: Elie Poulin, Marco Méndez, Omar Cornejo

Unidad

III

Filogenia

¿Qué es filogenia?
Métodos filogenéticos: Parsimonia y métodos de distancia, “Likelihood” e Inferencia bayesiana.
Generación de modelos: estadística clásica con máxima verosimilitud (ML), remuestreo / Montecarlo
Métodos de Montecarlo
Cadenas de Markov
Inferencia Bayesiana (Contraste de estimación Bayesiana vs. máxima verosimilitud, Ley de Bayes, caso discreto vs. caso continuo, probabilidad vs densidad)
Sesión práctica

Responsables: Marco Méndez

Unidad

IV

Demografía y filogeografía

Especies crípticas
Filogeografía
El modelo de Wright-Fisher
La coalescencia
Inferencia demográfica
Sesión práctica – Estudio de casos: Nacella concinna (Lapa antártica) (DNAsp, Network) y Orestias ascotanensis (pez en salar del altiplano) (Lamarc)

Responsable: Antonio Solé-Cava, Elie Poulin

Unidad

V

Deriva génica y tamaño poblacional efectivo

Deriva génica y tamaño poblacional efectivo (Ne)
Sesión práctica: MLNe y LDNe
Fragmentación poblacional: FST – Equilibrio – limitaciones
Fragmentación poblacional: Relajamiento de condiciones, no equilibrio
Sesión práctica: Estudio de caso: manejo pesquero (Structure, Arlequin, Genetix, Geneclass)
Genética del paisaje (Landscape Genetics)
Efectos de la fragmentación, la explotación y la adaptación al cautiverio

Responsables: Elie Poulin, Marco Méndez, Omar Cornejo

Unidad

VI

Nuevas herramientas para la genética de la Conservación (Genómica)

Big Data y conservación: ¿es esto posible?
Genómica poblacional
Desarrollo de protocolos computacionales para el análisis de grandes volúmenes de datos genómicos en UNIX
Análisis demográficos e identificación de regiones genómicas bajo selección
Aplicaciones en conservación
Construcción de estrategias

Responsables: Omar Cornejo con la colaboración del grupo profesoral

Unidad

VII

Parentesco, paternidad y endogamia

¿Qué es genotipificar, cómo se hace y algunas aplicaciones en conservación?
Aplicaciones genotipificar: ecología del comportamiento y conservación
Definición e importancia de parentesco, cómo calcular cuando ya se saben las relaciones familiares
Cálculo de parentesco en población real. Priorización de acciones de manejo según resultados.
Análisis de parentesco: Aplicaciones a la conservación
Sesión práctica: Relaciones de parentesco en Pecarí (MLRelate)

Responsable: Cristina Yumi Miyaki

Unidad

VIII

Aplicaciones

Estudio de casos por profesores invitados
Análisis forense aplicado a la genética de la conservación
Mesa de trabajo aplicando herramientas de GC en un caso real (participantes con profesores)

Responsables: Antonio Solé-Cava, Kathryn Rodríguez Clark, Cristina Y Miyaki, con el apoyo del cuerpo profesoral

Unidad

IX

Conservación y sociedad

Legal: Marco jurídico para los estudios con diversidad genética. ¿Diversidad biológica o recursos?
Ética Biocultural y conservación de la diversidad genética

Responsables: Ángela Martino, María A. Oliveira-Miranda, Marco Méndez

Unidad

X

Discusión y presentaciones de los estudiantes

Profesores y estudiantes se reúnen presencialmente o en forma virtual para discutir sus respectivos proyectos. Cada estudiante tiene asignado un comité asesor conformado por tres-cuatro profesores, con los cuales debe reunirse. Adicionalmente es deseable que discuta con todos los profesores sobre temas específicos de interés para su proyecto. Posteriormente, el estudiante realiza la presentación y defensa pública de sus trabajos

Responsable: Todo el cuerpo profesoral

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