Programa

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El curso tiene nivel de postgrado. Todos sus profesores tienen nivel de Doctorado o PhD. El programa del curso ha sido organizado en clases teóricas magistrales, clases teórico-prácticas, sesiones participativas o talleres, mesas de discusión, análisis en grupo de estudios de casos, así como sesiones de discusión individualizadas con el comité asesor designado para profundizar en los diferentes aspectos de los proyectos de investigación presentados por cada estudiante. El curso cuenta con evaluaciones continuas y cierra con la presentación y defensa por parte de cada estudiante de su proyecto. El contenido programático ha sido organizado de la siguiente manera:

Unidad I. La conservación genética en contexto

¿Por qué conservar?
La genética para la conservación: repaso histórico
Marco conceptual: La conservación como proceso

Unidad II. Conceptos básicos

1. Diseño de proyectos

Estructura de proyectos
Planteamiento de hipótesis

2. Manejo de las muestras

Recolección y almacenamiento de muestras
Muestreos invasivo y no invasivo. Diseño de muestreo
Discusión por equipos de los métodos utilizados por los participantes

3. Marcadores moleculares

Marcadores moleculares y “Next Generation Sequencing”. Ejemplos aplicados a Genética para la Conservación
Usos Potenciales de las NGS para resolver problemas de genética para la conservación
Alineamiento y calidad de secuencias (repaso teórico-práctico)

Unidad III. Filogenia

¿Qué es filogenia?
Métodos filogenéticos: Parsimonia y métodos de distancia, “Likelihood” e Inferencia Bayesiana
Generación de modelos: Estadística clásica con máxima verosimilitud (ML), Remuestreo / Montecarlo
Métodos de Montecarlo
Cadenas de Markov
Inferencia Bayesiana. Contraste de estimación Bayesiana vs. máxima verosimilitud. Ley de Bayes: Caso discreto vs. caso continuo. Probabilidad vs densidad. Sesión práctica
Especies crípticas

Unidad IV. Demografía y Filogeografía

Modelos determinísticos y estocásticos. El modelo de Wright-Fisher
Filogeografía
La coalescencia
Inferencia demográfica y estructuración
Sesión práctica con casos de estudio de especies latinoamericanas (utilizando DNAsp, Network y Lamarc)

Unidad V. Deriva génica y tamaño poblacional efectivo

Deriva génica y tamaño poblacional efectivo (Ne). Sesión práctica: MLNe y LDNe
Fragmentación poblacional: FST – Equilibrio – limitaciones
Fragmentación poblacional: Relajamiento de condiciones, no equilibrio
Sesión práctica con Caso de estudio: manejo pesquero (Structure, Arlequin, Genetix, Geneclass)
Efectos y manejo de la fragmentación del hábitat

Unidad VI. Parentesco, paternidad y endogamia

¿Qué es genotipificar, cómo se hace y algunas aplicaciones en conservación?
Aplicaciones genotipificar: ecología del comportamiento y conservación
Definición e importancia de parentesco, cómo calcular cuando ya se saben las relaciones familiares
Cálculo de parentesco en población real. Priorización de acciones de manejo según resultados
Análisis de parentesco: Aplicaciones a la conservación
Sesión práctica: Relaciones de parentesco (MLRelate)

Unidad VII. Aplicaciones

Aplicaciones de genética a problemas de conservación
Listas Rojas de especies y la genética para la conservación
Análisis forense aplicado a la genética de la conservación

Unidad VIII. Conservación y sociedad

Legal: ¿cuál es el marco jurídico que sustenta los estudios con diversidad genética?. ¿Está orientado a los elementos de la diversidad o a recursos?
Implicaciones éticas de la investigación en GC. Resolución de casos
Especies invasoras