Programa del Taller
Unidad
I
Introducción
¿Por qué conservar?
La genética para la conservación: repaso histórico
Marco conceptual: La conservación como proceso
Ejes genético y de conservación en el marco de los proyectos de GC
Contexto en el marco de la conservación
Responsables: Antonio Solé-Cava, María A. Oliveira-Miranda, Kathryn Rodríguez-Clark
Unidad
II
Conceptos básicos
Diseño de proyectos, obtención de muestras y marcadores moleculares
Diseño experimental y estructura de proyectos
Gestión de proyectos
Planteamiento de hipótesis
Marcadores moleculares
Obtención y almacenamiento de muestras
Discusión sobre técnicas utilizadas por los estudiantes en sus respectivos proyectos
Responsables: María A. Oliveira-Miranda, Kathryn Rodríguez Clark, Ángela Martino, Marco Méndez, Cristina Y. Miyaki, Edgar Gareca
Unidad
II
Conceptos básicos
Estadísticas
Modelos determinísticos y estocásticos
Responsable: Antonio Solé-Cava
Unidad
II
Conceptos básicos
Marcadores y análisis de secuencias
Alineamiento y calidad de secuencias (repaso teórico-práctico)
Responsables: Elie Poulin, Marco Méndez, Omar Cornejo
Unidad
III
Filogenia
¿Qué es filogenia?
Métodos filogenéticos: Parsimonia y métodos de distancia, “Likelihood” e Inferencia bayesiana.
Generación de modelos: estadística clásica con máxima verosimilitud (ML), remuestreo / Montecarlo
Métodos de Montecarlo
Cadenas de Markov
Inferencia Bayesiana (Contraste de estimación Bayesiana vs. máxima verosimilitud, Ley de Bayes, caso discreto vs. caso continuo, probabilidad vs densidad)
Sesión práctica
Responsables: Marco Méndez
Unidad
IV
Demografía y filogeografía
Especies crípticas
Filogeografía
El modelo de Wright-Fisher
La coalescencia
Inferencia demográfica
Sesión práctica – Estudio de casos: Nacella concinna (Lapa antártica) (DNAsp, Network) y Orestias ascotanensis (pez en salar del altiplano) (Lamarc)
Responsable: Antonio Solé-Cava, Elie Poulin
Unidad
V
Deriva génica y tamaño poblacional efectivo
Deriva génica y tamaño poblacional efectivo (Ne)
Sesión práctica: MLNe y LDNe
Fragmentación poblacional: FST – Equilibrio – limitaciones
Fragmentación poblacional: Relajamiento de condiciones, no equilibrio
Sesión práctica: Estudio de caso: manejo pesquero (Structure, Arlequin, Genetix, Geneclass)
Genética del paisaje (Landscape Genetics)
Efectos de la fragmentación, la explotación y la adaptación al cautiverio
Responsables: Elie Poulin, Marco Méndez, Omar Cornejo
Unidad
VI
Nuevas herramientas para la genética de la Conservación (Genómica)
Big Data y conservación: ¿es esto posible?
Genómica poblacional
Desarrollo de protocolos computacionales para el análisis de grandes volúmenes de datos genómicos en UNIX
Análisis demográficos e identificación de regiones genómicas bajo selección
Aplicaciones en conservación
Construcción de estrategias
Responsables: Omar Cornejo con la colaboración del grupo profesoral
Unidad
VII
Parentesco, paternidad y endogamia
¿Qué es genotipificar, cómo se hace y algunas aplicaciones en conservación?
Aplicaciones genotipificar: ecología del comportamiento y conservación
Definición e importancia de parentesco, cómo calcular cuando ya se saben las relaciones familiares
Cálculo de parentesco en población real. Priorización de acciones de manejo según resultados.
Análisis de parentesco: Aplicaciones a la conservación
Sesión práctica: Relaciones de parentesco en Pecarí (MLRelate)
Responsable: Cristina Yumi Miyaki
Unidad
VIII
Aplicaciones
Estudio de casos por profesores invitados
Análisis forense aplicado a la genética de la conservación
Mesa de trabajo aplicando herramientas de GC en un caso real (participantes con profesores)
Responsables: Antonio Solé-Cava, Kathryn Rodríguez Clark, Cristina Y Miyaki, con el apoyo del cuerpo profesoral
Unidad
IX
Conservación y sociedad
Legal: Marco jurídico para los estudios con diversidad genética. ¿Diversidad biológica o recursos?
Ética Biocultural y conservación de la diversidad genética
Responsables: Ángela Martino, María A. Oliveira-Miranda, Marco Méndez
Unidad
X
Discusión y presentaciones de los estudiantes
Profesores y estudiantes se reúnen presencialmente o en forma virtual para discutir sus respectivos proyectos. Cada estudiante tiene asignado un comité asesor conformado por tres-cuatro profesores, con los cuales debe reunirse. Adicionalmente es deseable que discuta con todos los profesores sobre temas específicos de interés para su proyecto. Posteriormente, el estudiante realiza la presentación y defensa pública de sus trabajos
Responsable: Todo el cuerpo profesoral