PROGRAMA |
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El Taller facilita los conceptos, herramientas de análisis y espacios de discusión para entender la importancia de mantener la diversidad genética como uno de los tres niveles fundamentales de la biodiversidad. Durante el Taller están previstas diferentes actividades, entre ellas: clases magistrales, sesiones teóricas, sesiones prácticas de análisis de datos, foros de presentación de casos y discusión, sesiones de discusiones sobre los tópicos cubiertos, presentación y defensa de los proyectos de investigación a ser desarrollados por los alumnos. Todo esto conlleva a que sea un curso intensivo, donde es indispensable la dedicación exclusiva por parte del estudiante. |
Unidades |
Temas y
Responsables |
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I.
Introducción |
- ¿Cuáles han sido los objetivos (u objetos) de la conservación hasta el presente. - La genética para la conservación: i) revisión histórica, ii) tipo de preguntas/problemas que ayuda a responder/solucionar, iii) la conservación como proceso, iv) diseño de proyectos - ¿Por qué conservar? |
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II.
Conceptos básicos: A.- Diseño de proyectos y obtención de muestras |
- Estructura de
proyectos - Formulación de hipótesis - Técnicas de colecta y almacenamiento de muestras. Tipos de muestreos (invasivos y no invasivos) |
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II.
Conceptos básicos: B.- Estadísticas |
- Generación de
modelos y aplicaciones generales en el diseño de proyectos y en el proceso de análisis genéticos: i) Hipótesis nulas, ii) Relación entre la mecánica general de la estadística clásica y máxima verosimilitud (ML), iii) estadística Bayesiana, iv) métodos de remuestreo no paramétrico (Bootstrap / Jacknife) - Métodos estocásticos y determinísticos,br> - Métodos de Montecarlo y Cadenas de Markov (MCMC) - Contraste entre inferencia Bayesiana y máxima verosimilitud: i) Ley de Bayes: distribución continua versus distribución discreta, ii) Densidad versus probabilidad |
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II.
Conceptos básicos: C.- Marcadores y análisis de secuencias |
- Marcadores
moleculares y citogenéticos empleados en estudios de GC: tipos de
marcadores de acuerdo a las interrogantes a contestar. Marco general, ejemplos
específicos con plantas, hongos, animales - Alineamiento y calidad de secuencias (repaso teórico-práctico) |
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III.
Filogenia |
- ¿Qué es filogenia?, Aplicaciones a la conservación - Métodos filogenéticos: Parsimonia y métodos de distancia - Métodos filogenéticos: Likelihood - Métodos filogenéticos: Inferencia bayesiana - Sesión práctica |
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IV.
Demografía y Filogeografía |
- Modelo de Wright-Fisher - Teoría de coalescencia - Inferencia demográfica - Filogeografía (introducción) - Sesión práctica: Estudio de casos: análisis con DNAsp, Network, Arlequin, SAMOVA) |
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V.
Deriva génica, tamaño efectivo poblacional |
- Deriva génica y tamaño efectivo poblacional (Ne): teoría, ejemplos. Sesión práctica (MLNe y
Lane) - Estructuración poblacional: FST - Equilibrio - limitaciones. Sesión práctica (GenePop) - Estructuración poblacional: Relajamiento de supuestos, no equilibrio (Métodos basados en modelos de agrupamiento, ancestro individual, asignamiento a poblaciones, cuellos de botella). Sesión práctica (Structure) - Genética espacial - Divergencia poblacional adaptativa: Cociente QST/FST, controversia, limitaciones del método, desarrollo reciente, importancia para la conservación |
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VI.
Parentesco, paternidad y endogamia |
- ¿Qué es genotipificar y cómo se hace? - Aplicaciones de la genotipificación: ecología del comportamiento y conservación - Sesión práctica: análisis de parentesco como complemento de datos de comportamiento entre individuos (MLRelate). Uso del programa Pedigree - Definición e importancia de la endogamia y el parentesco, ¿cómo calcular cuando ya se saben las relaciones familiares - Aplicación para definir metas de recuperación ("regla" 50/500/5000) - Aplicación en poblaciones manejadas intensivamente: la variedad de metas para dichas poblaciones, problemas genéticos frecuentes (depresión endogámica,domesticación, pérdida de adaptabilidad) y manejo genético consecuente. Cálculo de parentesco y endogamia en una población real. Priorización de acciones de manejo según resultados. Sesión práctica |
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VIII.
Aplicaciones de la genética en la conservación |
- ¿Cómo la identificación de especies (incluyendo barcoding) y de linajes se transforma en un tema de conservación? i) Especies crípticas y ii) Uso y tráfico ilegal de especies? - Bioinvasiones: Cómo una especie llega a ser invasora y cuáles son las consecuencias para especies locales. |
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IX.
Conservación y sociedad |
- Bioética y conservación de la diversidad genética - Aspectos legales vinculados a la conservación de la diversidad genética. relación con la biopiratería - Caso tigre de Tasmania: ciencia o bioética |
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X.
Presentación y discusión de proyectos |
Presentación y defensa de los proyectos o tesis de cada participante |
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