XV Taller Latinoamericano de Genética para la Conservación

Programa del curso

El curso tiene nivel de postgrado. Todos los profesores tienen nivel de Doctorado o PhD. El programa del curso se desarrolla a través de clases teóricas magistrales, clases teórico-prácticas, sesiones participativas o talleres, análisis en grupo de estudios de casos, así como sesiones de discusión individualizadas con el comité asesor designado para profundizar en los diferentes aspectos de los proyectos de investigación presentados por cada estudiante. El curso cuenta con evaluaciones continuas y cierra con la presentación y defensa por parte de cada estudiante de su proyecto. El contenido programático ha sido organizado de la siguiente manera:

Unidad I. La conservación genética

• ¿Por qué conservar?
• Genética para la conservación (GC): Reseña histórica
• La conservación como proceso: Ejes genéticos y de conservación en el marco de proyectos de GC. Genética para la conservación en América Latina.

Unidad II. Conceptos básicos

1. Diseño de proyectos

• Estructura de proyectos: Definiendo problema, planteamiento de hipótesis, objetivos y metodología
• ¿Dónde está la conservación en tu proyecto?

2. Manejo de las muestras

• Recolección y almacenamiento de muestras
• Muestreos invasivo y no invasivo, Diseño de muestreo
• GIS y modelaje de nicho ecológico como herramientas de apoyo
• Discusión por equipos de los métodos utilizados por los participantes en sus proyectos

3. Marcadores moleculares

• Marcadores moleculares y “Next Generation Sequencing”. Ejemplos aplicados a Genética para la Conservación
• Usos Potenciales de las NGS para resolver problemas de genética para la conservación
• Protocolos computacionales para analizar grandes volúmenes de datos genómicos

Unidad III. Filogenia

• Alineamiento y calidad de secuencias (sesión teórica y práctica)
• Métodos filogenéticos
  1. Parsimonia y métodos de distancia
  2. Verosimilitud “Likelihood”
  3. Inferencia bayesiana
• Selección de modelos
• Estadística clásica con máxima verosimilitud (ML)
• Remuestreo “Bootstraping”
• Métodos de Montecarlo
• Cadenas de Markov
• Inferencia Bayesiana. Contraste de estimación Bayesiana máxima verosimilitud
  1. Teorema de Bayes
  2. Caso discreto vs. caso continuo
  3. Probabilidad vs densidad
• Sesiones prácticas

Unidad IV. Demografía y Filogeografía

• Modelos determinísticos y estocásticos
• Modelo de Wright-Fisher
• Filogeografía
• Especies crípticas
• Coalescencia
• Inferencia demográfica y estructuración
• Sesiones prácticas y estudios de casos con especies latinoamericanas (utilizando DNAsp, Network y Lamarc)

Unidad V. Deriva génica y tamaño poblacional efectivo

• Deriva génica y tamaño poblacional efectivo (Ne). Sesiones teóricas y prácticas
• Fragmentación poblacional: FST – Equilibrio – limitaciones
• Fragmentación poblacional: Relajamiento de condiciones, no equilibrio
• Sesión práctica con Caso de estudio: Manejo de pesquerías
• Genética del paisaje, efectos de la fragmentación, explotación y adaptación al cautiverio

Unidad VI. Parentesco, paternidad y endogamia

• ¿Qué es genotipificar, cómo se hace y algunas aplicaciones en ecología del comportamiento y conservación?
• Definición e importancia de parentesco, cómo calcular cuando ya se saben las relaciones familiares
• Cálculo de parentesco en población real. Priorización de acciones de manejo según resultados.
• Análisis de parentesco y Aplicaciones en conservación
• Sesión práctica

Unidad VII. Genética para la conservación y el paradigma adaptativo

• ¿Cómo identificar adaptaciones hipotéticas en poblaciones naturales?
• Genómica poblacional
• Análisis demográficos e identificación de regiones genómicas bajo selección, aplicaciones en conservación y estrategias
• NGS en la conservación y manejo de especies silvestres

Unidad VIII. Aplicaciones de Genética para la Conservación

• Empleando la genética para la conservación en programas y estrategias de manejo
• Análisis forenses aplicados a la genética de la conservación
• Estudio de Casos de Bioinvasiones: ¿cómo una especie se vuelve invasora bajo la visión de la genética de poblaciones?
• Listas Rojas de especies y la genética para la conservación

Unidad IX. Conservación y sociedad

• Legal: Marco jurídico para los estudios con diversidad genética. ¿Diversidad biológica o recursos?
• Ética Biocultural y conservación de la diversidad genética Implicaciones éticas de la investigación
• ¿Ciencia ingenua, desarrollo técnico o problemas éticos?

Unidad X. Discusión y presentaciones de proyectos de los estudiantes

Profesores y estudiantes se reúnen, presencial o remotamente, para discutir sus respectivos proyectos. Cada estudiante tiene asignado un comité asesor, conformado por tres o cuatro profesores, con los cuales debe reunirse. Adicionalmente, es deseable que discuta con todos los profesores sobre temas específicos de interés para su proyecto. Posteriormente, el estudiante realiza la presentación y defensa pública de su proyecto de investigación.

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